Думаю, конкретные и интересные примеры набросают после люди более знающие, а я лишь отмечу, что природа в целом и природа строения и функционирования разнообразных живых существ, включая нас, например, бывает крайне часто и нелогична, и странна, и даже вредна.
А причина проста (опишу весьма грубо, но доступно): эволюционным механизмам приходилось и приходится подстраиваться к изменяющимся условиям на ходу. В итоге выходит "я тебя слепила из того, что было". При изменяющихся условиях и обстоятельствах, требующих каких-то эволюционных подвижек, нельзя взять и создать приспособленное существо с чистого листа, приходится переделывать под эти нужды то, что уже существует. Это можно сравнить с починкой на ходу самолета или лайнера, например - лучше бы, конечно, его капитально отремонтировать, а то и вовсе заново пересобрать, но когда нужно при этом не упасть/утонуть, критерии совсем другие (пример опять же очень упрощенный, но понятный).