В чём заключается принципиальное отличие системы ввода-вывода и микропрограмм процессора суперкомпьютерной техники от обычных пк?

Вообще-то ничем.

Суперкомпьютеры отличаются от бытовых ПК многопроцессорной архитектурой, которая в отличие от многоядерной обладает бОльшей производительностью.

У отдельных блоков суперкомпьютеров те же самые порты ввода-вывода: USB, Ethernet, COM и т.д.

Микропрограммы процессора тоже зависят от его системы команд, а не от того, куда вставили процессор.

А вот системы команд процессоров, используемых в суперкомпьютерах, вовсе не обязаны совпадать с х86 или AMD64. Это могут быть PowerPC, MIPS, ARM и даже собственные разработки.

В качестве операционных систем для суперкомпьютеров обычно выбираются UNIX/POSIX-совместимые, например, Debian или сборка на основе любого другого ядра Linux.