Если отвечать на вопрос прямо, то стоимостью материалов.
Логично, что пломбы бывают разные. Соответственно, у разных видов пломб(точнее, пломбировочных материалов) есть разные плюсы и минусы. Например, пломба из амальгамы, вероятно, будет дешевле, чем пломба из композитных материалов, однако, в отличие от последних, она не будет отвечать следующим параметрам: эстетичность(амальгама имеет серебристо-серый цвет), а так же разница коэффициентов теплового расширения тканей зуба и самой амальгамы.
Вообще, по стандарту, врач должен рассказать пациенту какие есть варианты лечения(в данном случае, какие есть материалы), рассказать про преимущества и недостатки подробно и понятно, а так же указать примерную стоимость на те или иные варианты. Но, к сожалению, я не встречала еще врачей, которые так делают.