В чём отличие Айкидзюцу от Айкидзюдзюцу? И есть ли они вообще? Может эти слова обозначают одно и то же боевое искусство?

Отличий нет. Айки-дзюдзюцу — японская боевая техника, являющаяся предшественником айкидо. Можно называть так и так. Упрекать в произношении Вас не будут. Произносите так, как Вам удобнее.