Если рассказать эту длинную историю коротко, то свобода ПО для Столлмана является целью, а для Торвальдса - средством.
А теперь немного подробнее. Линус никогда не скрывал, что вся идеология свободного ПО ему нужна только для того, чтобы люди подключались работать над начатыми им проектами. То, кто и как использует ПО его особенно не волнует, до тех пор, пока люди делают свой вклад в открытые проекты. Ричард Столлман же занимает последовательную, философско-политическую позицию, в которой предупреждает человечество, что тот, кто разменяет свободу(в том смысле, в котором описываются четыре свободы из манифеста свободного ПО) на удобства, рано или поздно лишится и того и другого.