Для того чтобы понять разницу нам нужно обратиться к википедии и понять, что такое мод.
Модификация (мод) — дополнение к компьютерной игре, написанное, как правило, сторонними разработчиками или любителями с помощью SDK, прилагающегося к игре или специальных, разработанных для модифицирования игр любительских программ. Модификации обычно разрабатываются фанатами и для фанатов и предполагают исключительно бесплатное распространение. В отличие от дополнений, они часто изменяют баланс сил (в стратегических играх) или набор оружия и возможности героя (в 3D-шутерах).
Отсюда становится ясно, что моды тем и отличаются от оригинальных дополнений и, тем более, новых частей игры, что они делаются разработчиками, не имеющими отношения к оригинальной игре (чаще всего) и распространяются только бесплатно.
Конечно же это относится не только к S.T.A.L.K.E.R., но и к другим играм.