Разница лишь в востребованности.
Похвальный лист не имеет особого веса и нужен просто для признания ваших возможностей в учёбе . Грамота более востребована поскольку это официальны документ, она даётся за особые заслуги, участие в каком-либо виде деятельности. Диплом имеет вес для поступления, поскольку это официальный документ об окончании начального профессионального (специального), среднего профессионального или высшего учебного заведения.