Прежде всего стоит оговорить, считают ли вообще участники неполной семьи такое состояние дел для них проблемой.
Если же считают, то такое мнение может быть вызвано тремя причинами, которые мне пришли в голову:
1) Мнение социума
Само название - "неполная" семья. Неполный значит неполноценный. Неполный значит, что чего-то не хватает. Все вокруг немного другие, у них немного больше, чем у тебя. Сама проблема для тебя в том, что ты отличаешься от всех этих людей вокруг.
2) Проблемы с финансами
Как правило, неполными семьи становятся после развода родителей или после смерти одного из супругов. При наличии всего одного дееспособного взрослого становится сложнее прокормить всех своих возможных детей.
3) Проблемы с эмоциональным комфортом в близком кругу
Если неполная семья стала таковой в результате какого-нибудь не самого приятного случая, потеря "половины семьи" может осесть долгим осадком в душе каждого члена семьи.
Или же проблема в социальных ролях родителей для детей. Например, есть у ребенка только отец, с суровым таким характером, закаленным столь же суровой жизнью. И такой ребенок, вероятно, будет отчаянно нуждаться в материнской фигуре, в проявлении нежности и заботы к нему.