Сейчаc эти два понятия стали означать практически одно и то же. Однако, слово "агитация" происходит от латинского agitatio - "приведение в движение". А слово пропаганда происходит от слова propago - "распространяю".
Можно сделать такой вывод - агитация призывает непосредственно к действию. А пропаганда это формирование определённой почвы для агитации.
К примеру: пропаганда:"ГМО - это вредно" + к этому куча каких-нибудь псевдонаучных статей, мнений, которые будут активно распространяться в обществе тем, кому это необходимо.
Агитация:"Запретить ГМО!". Непосредственный призыв. Сначала идёт распространинение идей, а на основе этих идей позже призывают к действиям.
Это моё мнение.