Сами не удалят, вам нужно идти к ним со всеми подтверждающими погашение задолженности документами и писать заявление. При этом отдать его желательно именно в руки ведущего дело секретаря.
Если ИП просто закрыто и прекращено в принципе можно успокоиться, в данном случае взыскание прекращено так что можете спать спокойно. Единственное можете сходить в ФССП и для успокоения души прояснить ситуацию.