Порядок выполнения ВКР должен быть закреплен в Программе государственной итоговой аттестации, которую каждый вуз утверждает самостоятельно.
Насчет тем ВКР в программах разных вузов содержатся разные указания. В большинстве вузов в документе записано, что темы выбираются студентом из списка, утвержденного выпускающей кафедрой. Иногда указано, что студент может предложить свою тему, но только по согласованию с кафедрой, представив заявление с обоснованием целесообразности разработки данной темы. Кафедра имеет полное право ему отказать. Право полностью самостоятельно выбирать тему, невзирая на позицию кафедры, не закреплено ни в одном вузовском документе.
С руководителями примерно то же самое. Руководитель для каждой ВКР назначается выпускающей кафедрой.
Обычно в вузах порядок такой: потенциальные научные руководители предлагают кафедре темы ВКР, которыми они готовы руководить. Кафедра утверждает те, которые соответствуют ее профилю, критериям актуальности, научности и другим, другие отклоняет. Далее список предлагается студентам для выбора; руководитель каждому студенту назначается в соответствии с темой, которую он выберет.
Так что писать работу "по своим интересам, а не по интересам вуза" нельзя, тема именно должна соответствовать интересам выпускающей кафедры и быть ей утверждена.
Другое дело, если студентам не дали возможности выбора из списка , а просто назначили каждому тему "сверху". В этом случае налицо нарушение правил итоговой аттестации.