Также как и в бизнесе.
Говоря об институтах, то это создание минимально рабочего продукта (MVP), тестирование и расширение, если зашло и нравится заинтересованным лицам и основным потребителям.
Учитывать интересы студентов, преподавателей, работодалей (слышать потребности рынка) - это все про agile.
Применение такого подхода в образовавнии очень даже логично. Разрабатывать образовательные программы, производить обновление ПО, тех. оснащения аудиторий, найм преподавателей с нужными качествами правильней делать сообща, как и предполагает agile.