Резерфорд выявил существование ядер не выделяя их в свободном виде, и этот эксперимент никто не подвергает сомнению. Первые экспериментальные свидетельства существования кварков получены примерно тем же способом - результатами рассеяния высокоэнергетических частиц на адронах. То, что кварки не могут находиться в свободном виде, их реальности не противоречит. Это не виртуальные и не чисто теоретические частицы.