Проблема становится актуальнее с появлением каждого нового мессенджера, однако решить её не так просто, как кажется. Для большинства популярных приложений просто нет публичного API, которое позволило бы создать сторонние клиенты. Например, Viber, iMessage, Skype или WhatsApp позволяют общаться только через свои официальные приложения.
Что касается сервисов с открытыми API, я слышал только про одно приложение подобного рода - IM+ Pro apple.com