На мой взгляд не стоит, но тут надо учесть, что в реестре Windows я ориентируюсь очень и очень хорошо, а поскольку крайне редко ставлю неизвестные мне программы, то его чистка "руками" для меня не так сложна. А под всякие эксперименты с другими программами я всегда использую виртуальную машину (VirtualBox)