Добрый день. Сайт в самом общем понимании - это папки с файлами и база дынных (если речь не о лендинге - там база данных не обязательна). Они располагаются на определенном хостинге. Но Домен может находиться под администрированием другого сервиса.
Конечно, для удобства пользования и оплаты удобно все располагать в одном месте. Но также могут быть иные составляющие, которые имеют важность для конкретного проекта (скорость обращения и т.п.).
Что важно.
- Администратор доменного имени - это тот человек или фирма, которые указаны в качестве администратора. Именно он имеет все привилегии для администрирования. В том числе и для продления пользования SSL сертификатом. Если менять админа для домена - то в большинстве случаев это происходит через нотариуса.
Поэтому лучше сразу определить конечного бенефициара - и практически всегда это не вебмастер, который делает сайт и устанавливает сертификат.
- Большинство хостингов предоставляют услуги под ключ - сразу можно подключить новый сайт под SSL, есть и бесплатные возможности.
- При первичном подключении нового сайта, вы избегаете необходимости обращения к базе данных о переносе с http на https. А это значит, что вы избегаете ошибки Mix Content, когда, например, картинки на сайте имеют url http вместо нужного https.
- Да, бывают проблемы, когда он слетает. Но этот вопрос решается внутри хостинга.