Для полного ответа разделим вопрос на несколько компонентов.
Могут ли микроорганизмы провоцировать аутоиммунные осложнения?
Изредка могут. Самые известные пример - острая ревматоидная лихорадка после стрептококкового фарингита и синдром Гийена-Барре после кампилобактериоза. Есть спорные гипотезы, что вирусы (в частности, энтеровирусы) причастны к развитию сахарного диабета I типа.
Известно ли, как они это делают?
Нет, толком неизвестно - механизм поломки иммунной толерантности организма к собственным белкам является крайне малоизученным. В теории, если у вируса или бактерии есть какой-то белок, совпадающий по структуре с нашим (случай, описанный в вашем посте), то на него мы просто не будем реагировать. По всей видимости, дело не только в том, что иммунитет "путает" одни молекулы с другими - скорее, там играет роль стимуляция отдельных популяций клеток веществами микробного происхождения.
Часто ли бактерии или вирусы причастны к аутоиммунным заболеваниям?
Крайне редко. Человек постоянно контактирует с вирусами - у всех из нас постоянно в организме живут герпесвирусы, полиомавирусы, анелловирусы, адено-ассоциированные вирусы, но аутоиммунными болезнями мы болеем редко. Я уж молчу про кишечную микробиоту.
Может ли вакцина от коронавируса провоцировать аутоиммунные заболевания?
Значимо - нет. Потому что вакцины от коронавирусной инфекции были введены миллиардам людей по всему миру. И "натуральным" коронавирусом, который содержит тот же самый S- белок, тоже переболело немало. И мы не видим массовых вспышек аутоиммунных заболеваний. Исключение - по-видимому, что сам COVID-19, что некоторые вакцины (Janssen) повышают риск синдрома Гийена-Барре. Но если сравнить риски от заболевания и от вакцинации - переболеть во много раз опаснее, по всем возможным критериям.