Добрый день!
Работодатель, получая субсидию, НЕ платит никаких налогов в соотв. с пп.60 п.1 ст.251 и п.82 ст. 217 НК РФ:
... субсидий, полученных из федерального бюджета в связи с неблагоприятной ситуацией, связанной с распространением новой коронавирусной инфекции, налогоплательщиками, включенными по состоянию на 1 марта 2020 года в соответствии с Федеральным законом от 24 июля 2007 года N 209-ФЗ "О развитии малого и среднего предпринимательства в Российской Федерации" в единый реестр субъектов малого и среднего предпринимательства и ведущими деятельность в отраслях российской экономики, в наибольшей степени пострадавших в условиях ухудшения ситуации в результате распространения указанной инфекции, перечень которых утверждается Правительством Российской Федерации.
Однако, при использовании данных денежных средств налоги и взносы уплачиваются: если средства идут на выплату зарплаты, то с этих денег будут платиться НДФЛ и взносы в ПФР, ФФОМС, ФСС. Плательщики НДС могут принять к вычету НДС, если потратят эти деньги на приобретение товаров, работ или услуг, тогда как при обычных субсидиях НДС необходимо восстанавливать, т.е. обычно после покупки НДС сначала принимается к вычету, а затем начисляется снова. Данная мера содержится в ст. 2 ФЗ №121-ФЗ от 22.04.2020:
Положения пункта 2.1 и подпункта 6 пункта 3 статьи 170 Налогового кодекса Российской Федерации не применяются в отношении субсидий, указанных в подпункте 60 пункта 1 статьи 251 Налогового кодекса Российской Федерации.