Вся сумма, выплаченная в рамках программы государственной поддержки, предоставляется на безвозмездной основе. Несмотря на то, что выплата считается доходом семьи, она не облагается налогом. Никаких дополнительных платежей за пользование деньгами вносить не нужно.
С налоговым вычетом все несколько сложнее. Размер вычета зависит от суммы, затраченной на покупку жилья. Поскольку часть средств компенсируется государством, собственные расходы семьи уменьшаются. Соответственно, сокращается и размер вычета. К примеру, если семья, затратив на покупку квартиры 2 миллиона рублей, может получить вычет 260 тысяч, то после погашения государством части долга вычет будет равен 201 500.
При этом если вся сумма вычета уже получена на руки, разницу нужно будет вернуть. Поэтому лучше заранее учесть этот нюанс, чтобы необходимость вернуть часть средств не стала неожиданностью.
Подробно вопрос налогообложения при выплате субсидии в 450000 руб рассмотрен в статье https://avprrb.ru/articles/ipoteka/450-tysyach-na-pogashenie-ipoteki-mnogodetnym-semyam/#13