Гайд Тай Кима: http://vandal.sdf-eu.org/JapaneseGuide/start.html
Он даёт поверхностное, но вполне точное представление о грамматике.
Добивать грамматику на http://www.imabi.net/, гайд писал японец, так что английский у него хромает, но что поделать. Полировать с помощью A Dictionary of Japanese Grammar. Последний покрывает почти всё, больше 3к страниц, но объяснения достаточно сухие и порядок для новичка не очень подойдёт.
Сборник словарей: https://rutracker.org/forum/viewtopic.php?t=2705519
Ну и как с любым другим языком забивание SRS (Анки), чтение, просмотр хороших штуковин.
Из софта ещё могу посоветовать парсеры вроде Chiitans, JGlossator.