Решил скачать автокликер, он запрашивает поверх других окон, а там функция отключена, поскольку она замедляет работу телефона, что делать?

Если хотите им пользоваться то надо дать ему это разрешение. Все эти действия на ваш страх и риск. Так же если авто-кликер будет использоваться для онлайн игр, то скорее всего вас в последствии забанят.