"Невидимое расстояние" - это такая же часть атома, как и его ядро, где сосредоточена почти вся его масса.
"Потрогать" одним атомом другой, сократив "невидимое расстояние" между ядрами, можно, хоть и сложно, и именно этим занимаются физики-ядерщики.
Например, если "потрогать" ядро урана-235 нейтроном, ядро распадется с выделением большого количества энергии.