Фигура отца Дарта Вейдера сознательно замалчивается Лукасом, не без намека что мать Скайвокера утаивает правду от Квай-Гон Джина в эпизоде I. Основная фан-теория отцовства Энакина касается самого таинственного персонажа ЗВ, не раз упомянутого в фильмах, Дарта Плагэуса. В неоднозначной сцене из "Мести Ситхов" Палпатин говорил Энакину что могущественный ситх Дарт Плэгеус так глубоко познал Тёмную Сторону Силы что научился управлять мидихлорианами для создания Жизни, и даже мог воскрешать умерших, таким образом побеждая саму Смерть. Мать Скайвокера говорила он непорочном зачатии, якобы самой силой. Когда Квай-Гон Джинн спросил Шми Скайуокер об отце Энакина, то по ней было видно что она хотела что то ему рассказать, незря камера режиссёра сфокусировалась на её лице в тот момент. Это секундное колебание дает пищу для размышлений. В любом случае, если бы могущественный ситх был отцом Вейдера, то у матери были причины скрывать.
В любом случае, намеки и догадки - это все, что оставили нам каноничные произведения, остальное - лишь домыслы.
В скрытой угрозе(I эпизод) предполагалось, что Энакин был зачат мидихлорианами, то есть силой. Можно провести параллель с непорочным зачатием Иисуса Христа.