Здравствуйте, если работник направляется в командировку по должности внутреннего совместителя, то только по должности совместительства и оформляется командировка. При этом на период командировки такой работник освобождается от работы по основному месту работы (например, отпуск без сохранения заработной платы). А для расчета среднего заработка на период нахождения в командировке нужно учитывать выплаты по должности, указанной в приказе о командировке, в данном случае - по должности по совместительству.