Ну... во-первых, каперский патент (или любой аналогичный по сути документ) на то и был нужен, чтобы его владелец был комбатантом, полноправным участником боевых действий (пусть пока таких международных правовых норм нет, но сам принцип прослеживается), а не преступником. То есть именно в уголовном поле его действия рассматриваться не были должны.
Во-вторых, смотря что за капер. Понятно, что люди типа условного Дрейка продолжали бы грабить своих врагов вне зависимости от войн и патентов — отношение к ним соответствующее. А какой-нибудь Уильям Дампир, допустим — хоть и каперствовал во время раздела "испанского наследства", но испанцы прекрасно понимали, что это не пират, и едва ли у него возникли бы серьёзные проблемы по этой линии после войны.
В-третьих, нельзя забывать и о принципе No peace beyond the Line — долгое время негласно за определённой чертой (как правило, под ней понимался тропик Рака) война вообще не заканчивалась, там любой корабль под чужим флагом потенциально был врагом. Так что могла случиться вообще любая ситуация.