Придя к вере, стала чувствовать Бога буквально сердцем, но однажды промелькнула мысль, что Бога нет, и ощущение его присутствия пропало. Что мне делать?

Первое: не пугайтесь. Это нормально. Первое время после обретения веры (крещения, осознанной исповеди или Причащения, иноческого и монашеского пострига - привожу примеры из христианской жизни, в других религиях и конфессиях, может, другие есть события, обновляющие это религиозное чувство) Господь буквально носит неофита на руках. Потом Он его отпускает на землю, говоря: "Учись ходить сам". Тем самым, между прочим, обнаруживается Ваша свобода - Бог отступает от Вашей души, не давя на нее Своим постоянным обязательным присутствием. Не заставляет верить. Теперь вера - это Ваш и только Ваш выбор.

Второе. Чувство присутствия Божия надо подпитывать. Я не знаю, к какой религии Вы себя относите и к религии ли, но ритуалы важны. Если Ваша вера предполагает общую молитву - участвуйте в ней (храм, мечеть; для христианина просто необходимо участие в Евхаристии), если нет - молитесь самостоятельно. Уделяйте внимание личному разговору с Тем, Кому Вы доверились.

Третье. Читайте об опыте диалога с Богом у других людей. Можно читать авторов своей конфессии. Меня очень успокаивает в таких случаях наш почти современник архимандрит Софроний (Сахаров), в первую очередь - его книга "Старец Силуан" о святом Силуане Афонском. Ну и, конечно, Библия - книги Иова и Псалтирь, не говоря уж о Новом Завете. Можно читать также и светских мыслителей: меня, например, "пробивает" Къеркегор. 

Четвертое. Советуйтесь с другими, более опытными людьми. Разумеется, теми, кому доверяете. Это может быть священник, человек, который привел Вас к вере, просто хороший собеседник, понимающий о чем идет речь... Но духовная жизнь - это некий коллективный опыт человечества, складывающаяся из уникальных индивидуальных опытов, у него есть особая традиция, специально не создававшаяся, а растущая вместе с человечеством - традиция, к которой полезно и даже необходимо приобщаться. 

И все будет хорошо. :)