Если вы ставите ОС на C раздел то файлы из любого другого раздела останутся в сохранности, и удалится лишь старая ОС.
Перед установкой требуется всего лишь не забыть посмотреть общие размеры разделов, (дисков). И вообще если приняли решение переустановить ОС нужно подойти к решению с ответственностью, например запишите на бумагу последовательность всех основных действий, одним из пунктов которых должна быть запись о объёме разделов жесткого диска.
Тогда вы никогда не сделаете ошибку.