Нет, не на пустой.
При попытке строительстве Охта-центра (газпромовской "кукурузы") у слияния Охты с Невой обнаружили следы допетровских поселений. Сейчас там идут раскопки. А крепость Орешек - она ведь раньше была шведской. Как, например, и Выборг.
Другое дело, что нет доступных сведений о существовании на этом месте именно города - но это, как раз, маловероятно: местность болотистая, топкая. Строительство Петербурга потребовало укрепления почвы - многие постройки имели свайные фундаменты. Такое сложное строительство стало возможно только благодаря амбициям и воле Петра Алексеевича.