Многое зависит от Ваших взглядов или взглядов, которым Вы относитесь к симпатии. Наверно, не будет новостью, что корпорации различных исторических факультетов смотрят на историю по разному, пользуются различной методологией, и, соответственно, по разному учат студентов. Где-то, как кажется, сильнее марксистский бэкграунд (МГУ как один из старейших истфаков), где-то на историю смотрят как на social science (ВШЭ, Шанинка), где-то доминируют "либералы", где-то условные "консерваторы. Различаются факультета также научными школами: где-то мощное изучение аграрной истории, где-то истории благотворительности и т. д. И даже если вуз или факультет кажется слабым, на него может быть есть смысл пойти просто потому что там работает профессор, с которым Вы видите себя вместе на научном поприще.