Начать следует с обращения к врачу. "Неизвестный вирус", очевидно, как-то проявляет себя, раз возник такой вопрос. И далее врач будет иметь отправные точки для обследования. Способы определения могут быть разными: ПЦР (кровь, слюна, моча, кал), иммунологические исследования, секвенирование, ХМС (хроматография и масс-спектрометрия). Конечно де, определенную информацию даст общий анализ крови.