Скорее всего пол покрывался грунтовкой, слой очень тонкий и полностью не покрыл дерево. В местах где пол не защищен грунтовкой произошел "поджог" паркета лаком. Возможно также, что в процессе межслоевой шлифовки произошло повреждения слоя грунта. Это относится к случаю, когда пятна появились после нанесения лака по грунтовке.
Если паркет после первого слоя лака или грунта стал пятнистым, то это неравномерное пропитывание дерева или так называемые разводы. Неправильно подобран лак или слишком тонкий слой, возможно дополнительный слой поможет, но не факт. На определенных породах используются конкретные грунты. В некоторых случаях, когда неравномерно впитанная грунтовка дает неравномерный окрас, повторное нанесение выравнивает цвет, но далеко не всегда!
Про масло подробнее https://www.saicos-shop.ru/katalog/dlya-vnutrennih-rabot/poly/maslo-s-tverdym-voskom-tsvetnoe-eingefarbte-premium-hartwachs-246-l/
Через сутки после того как масло пропитало древесину, пол надо отшлифовать дисковой шлифовальной машиной и покрыть небольшим количеством масла.