Не должно, а если помешает, то не сильно.При поступлении важны только результаты ЕГЭ, на аттестат в приемных комиссиях смотрят только в том случае, если вы делете бюджетное/внебюджетное место с каким-то человеком и у вас одинаковое кол-во баллов. В таком случае сравнивают балл по проф. предмету (к примеру: физика считается профильным предметом ЕГЭ, ее и будут учитывать в 1-ю очередь, потом идет профильная математика, ну и русский язык) и только потом будут сравнивать аттестаты. Так что можете не беспокоиться.