Наверняка восстановить исходное состояние водоносного слоя очень сложно и имеет это смысл, только при его большой ценности для человека. Я так понял, что имеются в виду окна между водоносными горизонтами из-за разработки горных выработок. Испорченную воду уже никуда не денешь. Но если запасы чистой воды колоссальны, а загрязнитель ,напротив, минимален по площади воздействия, то имеет смысл рассмотреть такую тему как "техническая мелиорация грунтов" в инженерной геологии. Источники искать не буду, думаю надо просто в этой теме посмотреть. Техническая мелиорация грунтов - это различные технические методы изменения физико-химических и механических свойств грунтов. Так много разных методик есть: начиная с битуминизации, заканчивая обжигом грунтов. Какие конкретно подойдут для изоляции подземных вод, надо искать.