Очень странный вопрос. Все зависит от способа приема лекарства (Пероральный (через ротовую полость), парентеральный и т.д. ), а так же от цели нахождения в туалете и путей опорожнения экскрементов. Если вы приверженец более тривиального подхода к способу приемки лекарств, то бишь через ротовую полость и не мене обычного способа испражнения, то проблем по усвоению лекарственных препаратов быть не должно. Если же виной вашего посещения отхожего места будет - рефлекторное извержение содержимого желудка, то прием лекарственного препарата необходимо будет повторить, предварительно проконсультировавшись с врачом.
Upd: Повторюсь, вопрос очень странный, а ответ должен соответствовать вопросу.