У ИП на НПД нет деклараций. Значит, налоговая не может их требовать. Если оплата чеков в "Моем налоге" выполнена, претензий не будет. Если не доплачен налог или пеня, придет уведомление от налоговой с квитанцией. (Практики закрытия НПД не имею, подтвердите у тех, кто сам закрывал)