Скорее всего вы переусердствовали со щеткой и стёрли мелкий ворсистый слой, поверность кожи стала гладкой или даже глянцевой и чёрной. В этом случае ворс уже не восстановить, можно только подкрашивать испорченные места специальной бордовой краской для нубука или кожи (продается в отделах бытовой химии и обувных магазинах).
Вообще лучше использовать обычные ворсистые щетки или мягкую ткань, а со специальными резиновыми нужно быть аккуратным в применении, при сильном трении ворс стирается.