Первая по актуальности причина – вывод денег. Дело в том, что гугловский AdSence позволяет выводить минимально 100 долларов, а такая сумма набирается далеко не у всех владельцев каналов, особенно русскоязычных. Также, думаю, стоит отметить, что вывести деньги там можно то ли только почтовым переводом, то ли на PayPal, что не всем подходит. А сторонние партнёрки почти всегда предлагают вывод средств куда угодно при условии, что заработана хоть сколько-нибудь значимая сумма.
Далее – различные «плюшки», за которые партнёрские программы и берут процент от прибыли: техподдержка, всевозможные библиотеки музыки и SFX, реферальные программы, мероприятия и т. д. У Google такого нет.
В общем, основные причины таковы.