Все достаточно просто, виной всему атмосферное давление и адаптация нашего организма.
Как известно, давление падает с высотой примерно на 1 мм ртутного столба на каждые 15 метров высоты (или на 1гПа каждые 8 метров). Итого, на высоте Эльбруса давление ровно в два раза ниже, чем на уровне моря. А на высоте 10-11 километров приблизительно равно 95мм.
Понятно, что такое давление совсем некомфортно пассажирам, поэтому в салон нагнетается избыточное давление и поддерживается на уровне порядка 650мм р/с (соответствует высоте 1500-2000 метрам над уровнем моря). Автоматика, увы, несовершенна, и давление в самолете, особенно при взлете и посадка скачет ступеньками, из-за этого и "закладывает" уши, болит голова, особенно, у пассажиров, чувствительных к изменению атмосферного давления.
Что предпринять? Можно выпить обезболивающего перед полетом, или просто пересидеть эти 1520 минут подъема и посадки. С "заложенными" ушами борьба достаточно простая - закрываем нос и "продуваем" уши, как пловцы с аквалангом.