Особо показательна пора Емельяна Пугачева, когда некоторые из духовных лиц встречали бунтовщика под звон колоколов, переходили под знамена восставших. Волна бунта захлестнула многих. Список духовных лиц, допрошенных в связи с пугачевщиной в одном лишь Саратове в сентябре-октябре 1774 года, разместился на 32 листах. Из этого списка выделяется священник Даниил Шитов, приводивший к присяге на верность самозванцу. В 1774 году протопоп Вознесенского собора в Сарапуле Иаков Шеланговский встречал пугачевского полковника с крестом, хоругвями, при колокольном звоне. Он склонял народ на сторону «императора Петра III», то есть самозванца. Но вскоре предстал перед следственной комиссией в Казани, был лишен сана, бит кнутом и сослан в Оренбург на принудительные работы. Восстанию симпатизировали даже монахини. Так, игуменью и восемь монахинь Пензенского Троицкого монастыря расстригли из-за симпатий к Пугачеву.
Суровые расправы учинили в Саранске. Сельского «попа» Андрея Иванова, встретившего Пугачева с крестом, публично высекли кнутом, предварительно сбрив бороду и волосы на голове. Андрею Алексееву сверх перечисленного отсекли ухо. В жестокий век не обошлось без казней. «Поп» Стефан Васильев, выдавший пугачевцам жену дворянина, был лишен руки, а затем повешен. Также повесили дьякона Иакова Григорьева, грабившего вместе с восставшими, и дьячка Григория Дмитриева.