Давайте расширим вопрос: почему Великому Новгороду, а также Пскову, Ярославлю, Рязани, Твери, Перми, Нижнему Новгороду не удалось сохранить свою идентичность? Или почему Бургундии не удалось сохранить идентичность? Я полагаю, что мы просто не до конца понимаем, как формировалась эта самая идентичность и переносим современные представления об устройстве жизни на прошлое. Вопросы языка и истории для средневекового человека не имели существенного значения, зато принадлежность к христианству и князю считались важными. Это значит, что одна форма идентичности (назовем ее светской) строилась по иерархическому принципу сверху вниз, а другая (духовная) — по горизонтали.
Можно вспомнить любопытный пример из французской истории (того же времени, когда Новгород утратил политическую самостоятельность). В 1477 году бургундский герцог Карл Смелый был разбит и погиб в битве при Нанси. До 1477 года Бургундия претендовала на статус самостоятельного королевства, диктовала моду всей Европе, имела сильную экономику и как бы обладала своей идентичностью. После поражения и пресечения династии двор довольно быстро разъехался по Европе, Бургундия была расформирована и разными частями вошла во домен французского короля и Священную Римскую империю. Никакой бургундской идентичности после упразднения суверенного герцогства и отъезда из него рыцарей не осталось.
Что-то похожее было и на Руси. Княжества формально обладали высоким уровнем суверенитета, но политические границы существовали не так долго, чтобы в них сформировалась достаточно сильные и независимые культуры. Вспомните о единой православной вере, и получится довольно однородная среда. Возможно, Новгород имел больше отличий от Москвы, нежели, скажем Тверь или Рязань, но все же недостаточно, чтобы тщательно оберегать свою уникальность в рамках общерусской культуры.
Присоединенные московитами земли входили в домен великого князя (то есть становились его собственностью), бывшие удельные князья и их дворы вывозились в столицу, на их места присылались наместники, которые не имели право передавать должность по наследству. По этой схеме из Новгорода были выселены вечевые бояре, а их земли отданы лояльным московским дворянам. Контроль за наместниками был строгий, любое движение в сторону самостоятельности пресекалось.
После того как московские князья начали централизацию русских земель, новгородцы (а также рязанцы, тверитяне и ярославцы) довольно быстро ассимилировались в новом квазиимперском пространстве. Отчасти свидетельством некогда существовавших границ являются существующие до сих пор диалекты.