Почему в учебных заведениях не преподают мораль как научную дисциплину, ведь это прямая обязанность: сделать Россию сообществом морально образованных граждан?

Какая-то путаница у Вас с понятиями. Например, если говорить о том, каким нужно сделать российское общество, то это будет постановкой цели, а не обязанностью.  "Морально образованных" граждан не бывает. Да и быть не может. А вот высоконравственными люди вполне могут быть. Однако считать, что к высокой нравственности общество придёт через преподавание морали опять же несерьёзно. Поскольку преподавание морали - это не что иное, как морализаторство, которое ни один нормальный человек выносить не может. 

Кроме того , научная дисциплина, о которой Вы переживаете, есть. Она называется этика и занимается изучением морали. В российских школах в своё время преподавали предмет, который назывался "Этика и психология семейной жизни", но от него достаточно быстро по ряду причин отказались.