В добавок к ответу Вячеслава Бабайцева.
Город Санкт-Петербург\Петроград имеет в своем названии непосредственную связь с имперским прошлым России. С тем, что было не приятно для коммунистов и с чем они боролись. По этому монархические названия городов искоренялись. Петербург назвали под шумок в честь вождя революции. Такая же участь была и с Царицыным (теперь это Волгоград), который в советские годы именовался Сталинградом. Москва же названа по имени реки и "искоренением царизма" тут не займешься, даже если очень хочется. К тому же переименование Москвы выглядело бы весьма пошлым даже для самих коммунистов, ну по крайней мере возникает такое ощущение. Возможно, именно по этому Сталин и отказывался от этого. Когда твое имя носит второстепенный город, еще ладно, но Москва - столица мировой державы, которая влияла на мировую политику, это была визитная карточка СССР и ее изменение привело бы к непредвиденным реакциям на западе (с которым просто необходимо сводить счеты), что было не на руку СССР, который находился итак в нехороших ладах (мягко выражаясь) с западом.
P S: кстати говоря Волгоград - тоже советское название. Возвращение монархического названия города было недопустимым на протяжении всего существования СССР, а имя Сталина из названия искоренил Хрущев. Любопытно, что замечательному Питеру вернули его настоящее имя (после развала СССР), а Царицын до сих пор шифруется. Хотя имя по названию реки весьма замечательное и красивое, как по мне.
Так же вопрос о переименовании Москвы в город Сталин всплыл весной 1953, после смерти вождя.
И вопрос этот был уже почти решённым делом, но помешали распри за власть после смерти Сталина и вытекающие из этого действия властей.