Плохая логистика, практически полное ее отсутствие. Государство должно было работать как единый организм, начиная с с добывающей, перерабатывающей и производственной промышленностью, до потребителя, через торговлю. Т.е. СССР по сути это корпорация. Если на уровне тяжелой промышленности планирование успевало среагировать, то на обывательском уровне производство товаров народного потребления не всегда отвечало спросу. Не хватало именно логистики. Думаю, в наше время таких проблем не было бы, всеобщая компьютеризация и интернет решали бы все вопросы дефицита своевременно, кроме случаев прямого вредительства и саботажа. Ну а это уже вопросы к КГБ.
Причины дефицита: отсутствие конкуренции, излишки денежной массы, отсутствие частной собственности и др.
Да, ВПК не давали технологии для мирной промышленности.Пример: в ракет. войсках были уже компьютеры, а на гражданке не было.