Почему в России поколение Y нередко с пренебрежением и даже ненавистью относится к верующим людям, в отличие от европейских стран, где в целом признают пользу религий даже с научной точки зрения?

Хороший вопрос.
Разница между Западом и Востоком в этом плане заключается главным образом в том, что Религия на Западе прошла так называемую Реформацию - процесс, характеризующийся тем, что "античеловеческие" доктрины господствующей на тот момент церкви были оглашены и подвержены пересмотру и демонтажу и благодаря этому появилась религия местами с Божественным, местами с человеческим лицом. 

Так уж случилось, что со времен Константина - императора Римской Империи, который симпатизировал христианству эта религия превратилась в господствующую и государственную - она срослась с политической и вообще со светской властью - тем самым потеряв свой Небесный внемирской статус. Затем пошел "холивар" - расколы, драки на Вселенских Соборах, крестовые походы, охоты на ведьм, войны, интриги - вообщем всё то, что так или иначе дискредетировало Церковь в глазах общества - это была реакция на её деятельность, заключающееся в господстве, в наживе, в хитрости, лукавстве, коварстве, извращениях, в обслуживании власти, а иногда использовании её для своих религиозных войн в мире и т.д. - похожая картина была как на Востоке так и на Западе. И вот, как я уже заметил - на Западе в церкви случилась "перестройка" - Реформация - признание ошибок и исправление прошлых заблуждений, поворот к учению Христа и стремлению вернуться к первоначальным идеям Учителя. Это принесло свежий ветер, свет, развитие наук, законов, прав и свобод, это внесло определенный порядок и т.д. На Востоке к сожалению церковь оказалась крепче и подавляла все попытки Реформации, возникающие так или иначе. Даже такой символ как богослужение на старом церковно-славянском, для большинства непонятном языке говорит о том же - об охранительной политике Церкви и её сопротивлению всяческому развитию и обновлению. Некоторые считают что Революция в России это запоздалая и искривленная попытка Реформации такого положения в обществе. 

Вот что пишет о историческом Православии один из выдающихся его сынов только не ангажированный, а искренний исследователь протеиерей А.Шмеман:

Гораздо серьезнее то, что в Православии — историческом — начисто отсутствует сам критерий самокритики. Сложившись как «православие» — против ересей, Запада, Востока, турков и т.д., Православие пронизано комплексом самоутверждения, гипертрофией какого-то внутреннего «триумфализма». Признать ошибки — это начать разрушать основы «истинной веры». Трагизм православной истории видят всегда в торжестве внешнего зла: преследований, турецкого ига, измены интеллигенции, большевизма. Никогда — во «внутри». И пока это так, то, по моему убеждению, никакое возрождение Православия невозможно. Главная же трудность здесь в том, что трагизм и падение по-настоящему не в грехах людей (этого не отрицают…), а укоренен, гнездится в тех явлениях, которые принято считать, в которые принято верить, как именно в саму сущность Православия, его вечную ценность и истину. Это, во-первых, какое-то «бабье» благочестие, пропитанное «умилением» и «суеверием» и потому абсолютно непромокаемое никакой культуре. Стихийная сила этого благочестия, которым можно жить, как чем-то совершенно самодовлеющим, вне какого бы то ни было отношения ко Христу и к Евангелию, к миру, к жизни… Тут все слова «жижеют», наполняются какой-то водою, перестают что-либо означать. Это «благочестие» и есть то, что вернуло христианству «языческое» измерение, растворило в религиозной чувственности. Оно и Христа мерит собою, делает Его — символом самого себя.

Всякая перемена ситуации, то есть сама история, вызывала и вызывает у православных рефлексию предельно негативную, состоящую, в сущности, в отрицании перемены, в сведении ее ко «злу», искушению, демоническому натиску. Но это совсем не верность вере или, скажем, догматам, неизменным во всех изменениях. Догматами, «содержанием» веры православный мир перестал жить и интересоваться давно. Это именно отрицание перемены как категории жизни. Новая ситуация неверна, плоха только потому, что она новая . И это априорное ее отрицание не позволяет даже понять ее, оценить в категориях веры и по-настоящему «встретить» ее. Уход и отрицание, но никогда не понимание . Исторически центральной и определяющей в Православии всегда была категория не православия по существу, то есть Истины, а именно «православного мира», неизменного потому, что он православный, православного потому, что он неизменный. Поскольку же мир этот неизбежно и даже радикально менялся, то первым симптомом кризиса нужно признать глубокую шизофрению, постепенно вошедшую в православную психику: жизнь в нереальном, несуществующем мире, утвердившемся как реальный и существующий.

всякая абсолютизация в Православии есть измена. И пока Православие измену это не осознает, оно будет продолжать разлагаться, как оно сейчас разлагается. Эту страшную цену разложения мы платим за то, что сотворили себе кумира, сотни кумиров.