Почему в России долгое время сохранялась самодержавная монархия?

Существует несколько причин:

1) Обожествление правителя-"помазанника Божьего". Царь/император всегда считался правителем от Бога, посланным Богом. Крестьяне всегда обвиняли прежде всего бояр, дворян, которые, по их мнению, "далеки от царя", а царь "не знает проблем наших" (кстати, актуально и по сей день) . Считалось, что царь на самом деле очень добрый дяденька, который хочет только добра, да все ему мешают... Такое мировоззрение объясняется сильной верой россиян. "Мужик что бык: втемяшится В башку какая блажь — Колом ее оттудова Не выбьешь: упираются, Всяк на своем стоит!". 

Кстати, данная цитата из произведения"Кому на Руси жить хорошо" весьма уместна: в этом произведении мужики как раз и хотели выяснить, кто виноват в их проблемах (иначе говоря, "кому хорошо живется на Руси?"). Ещё одна цитата: "Кому живется весело, Вольготно на Руси? Роман сказал: помещику, Демьян сказал: чиновнику, Лука сказал: попу. Купчине толстопузому! - Сказали братья Губины, Иван и Митродор. Старик Пахом потужился, и молвил, в землю глядючи: Вельможному боярину, Министру государеву. А Пров сказал: царю..." Такое мировоззрение было вплоть до конца XIX века и правления Николая II. Восстание декабристов 1825 года - дворянское дело.

2) Феодальные пережитки и позднее зарождение "гражданского общества" и класса буржуазии. Большинство (в разных временных промежутках от 80 до 90%) населения - крестьяне, зависимое сословие. Зачем нам нужны были какие-то политически свободы и перемены в политической жизни, если страна держится (и до середины XIX века - весьма успешно) на неграмотных людях? Крестьяне и не понимали ничего, и жили, как всегда, были консерваторами, верны обычаям.

3) Необходимость в сильной централизованной власти в условиях постоянных военных конфликтов. Какие-либо глобальные перемены были просто не нужны, а до "эпохи просвещения" Екатерины II о них никто даже не задумывался. 

Существуют и другие причины, конечно... Большая территория страны, например. 

И да, Империи не повезло, что в начале XX века на трон взошёл слабый император. Поведи он себя по-другому, будь он ближе к народу, принимай он более верные решения, возможно... А хотя... Большое видится на расстоянии. Сейчас легко об этом рассуждать, а каких-то 100 лет назад люди не понимали, что к чему...