На самом деле лютеранство (одно из направлений протестантизма) в России появилось довольно рано. Еще в 16в. Другие направления появились позже. В основном, во второй половине 19в. Так что первый тезис, который необходимо закрепить : протестантизм - это историческое для России движение.
Если мы обратимся к статистике, то видно, что протестантов в России - несколько миллионов. А это, на самом деле, совсем не мало. На Дальнем Востоке, например, количество зарегистрированных церквей протестантского толка то ли приблизилось, то ли уже превысило количество церквей православных. Второй тезис: Протестантов в России больше, чем кажется.
Почему же в стране принято считать, что протестантизм - это "не наше"? Причин несколько:
Сильное влияние РПЦ, а также других "традиционных" религий (степень традиционности в данном случае несколько навязана "сверху"), что приводит к диспропорциям в СМИ, публичной жизни и т.д.
Малограмотность населения о протестантских течениях: СМИ плюс годы неверия и советской власти сказались на уровне образования населения в вопросах религии.
Предубеждение гос. служащих. Протестанты - одни из немногих организаций, у кого развиты международные связи. Соответственно, потенциально многим протестанты видятся как "шпионы", "агенты" и т.д. Этот взгляд абсолютно неверный, однако он упорно поддерживается СМИ.
Другие идеалы. Идеи протестантизма (упорный труд, трезвая жизнь, семейные ценности) зачастую вызывают отторжение у русского человека, не привыкшего ограничивать себя рамками и стандартами поведения. Подобное "иное" поведение воспринимается как "не наше" и отторгается.
Подводя итог и не претендуя на законченность этого ответа, хочется сказать, что протестантов в России намного больше чем кажется. Если вы будете чуть более внимательными, вы можете с удивлением узнать, что кто-то из ваших друзей или знакомых - баптист, пятидесятник или адвентист. И, надо сказать, при этом очень даже не плохой человек :)