У низкого уровня российских футболистов много причин. Впрочем, почти все они лежат в плоскости организации и управления футболом в стране. Вот три причины, хотя, думаю, есть и другие:
Низкие зарплаты и низкий престиж профессии детского тренера; низкие требования к тренерам. В результате детскими тренерами становятся либо романтики, готовые работать за копейки, либо (в большинстве) не особо талантливые люди, которые не могут найти другую работу. В России очень мало лицензированных тренеров: например, с лицензией уровня B в России около 400 тренеров (nskhuman.ru), в Германии - больше 28 тысяч (theguardian.com). А без подготовленных тренеров хороших футболистов вырастить сложно.
Недостаток качественной инфраструктуры на всех уровнях, от детского до взрослого. В частности, нехватка хороших футбольных полей в детских школах, нехватка хороших стадионов у профессиональных клубов и т.п. В результате тренировать детей в России просто негде.
Безобразная организация профессионального футбола (как уже отмечено в другом ответе, лимит и прочие "прелести"), в результате чего российские футболисты чувствуют себя как на курорте: получают огромные зарплаты и имеют гарантированное место в основном составе. Как следствие, у них нет стимулов совершенствоваться или ехать за границу играть в более сильных чемпионатах.
Насчет лимита: сейчас в российском футболе он 6+5, т.е. минимум 5 россиян должно присутствовать на поле + 1 или 2 "доморощенных" игрока до 21 года в заявке на матч.
Стоп,стоп, а как же ЦСКА вошедший в историю,выиграв л.ч., Зенит взявший л.ч и супер кубок?Акинфеев был признан одним из лучших вратарей мира,раньше то играть могли,про Спартак в 90-х вообще молчу!