Почему в последней серии Варис в её середине сначала в Дорне, а в конце уже за спиной Дейнерис?

Это телепорты Вестероса и Эссоса, но о них знают только избранные из Малого совета.

Ну а так, наверное, потому что это сериал - бюджет ограничен, хронометраж тоже, а показать надо все важные события на двух континентах за час. Для зрителя было бы как-то естественнее, если бы нам показали хоть доли секунд, что вот мол Варис садится на корабль и плывет обратно к Дейнерис. Ну а для создателей - это дни съемок, компьютерная графика, сотни тысяч долларов - и все ради второстепенного персонажа. И надо эти секунды куда-то впихнуть. Не стоит того. 

К тому же непонятно, сколько времени прошло от разговора Вариса с Оленной в Дорне до отплытия Дейнерис - может, несколько недель. Все события в сериале показаны последовательно, но это не значит, что они действительно идут одно за другим. Вот, например, Серсея взрывает Септу Бейлора, после этого нам показывают Джейме на пиру у Фреев, и только потом сцену, где Джейме прибывает в Королевскую Гавань и видит уже догорающий пожар в Септе и коронацию Серсеи.  Так что кажется, что события происходят одновременно или сразу друг за другом, но на самом деле между ними может быть большой промежуток времени, а сами сцены могут быть расставлены не в хронологическом порядке. По крайней мере так я это сама себе объясняю.

П.С. Еще дополню, что это последний эпизод сезона, и он должен закончиться на сильной ноте. Сравните: в самом начале истории Дейнерис уже путешествовала на кораблях, только тогда она была слаба, драконы только родились, а вместо орды у нее была горстка оставшихся в живых дотракийцев, которые всю дорогу блевали на палубу. А сейчас она плывет в Вестерос не просто так, а во всей своей мощи - с большими драконами, с кораблями, Грейджоями, с Десницей королевы, с Безупречными и дотракийцами, которые уже не умирают от морской болезни (как вроде должны, по крайней мере даже Даарио шутит об этом), а выглядят достойно, как и подобает великим войнам.  Вариса нельзя не поместить на этот корабль, тогда эффект будет неполный, потому что его союз с Тиреллами и Дорном - часть мощи Дейнерис. Как заметил Александр в комментариях, рядом с кораблями Дейнерис есть и корабли с парусами Мартеллов и Тиреллов.