Можно.
Более того, 1- и 5-копеечные монеты перестали печатать в 2013 году (см. rbc.ru). Они, действительно, слишком дороги для производства.
Надо учитывать, что уничтожение других номиналов, — 10 копеек и 50 копеек, — уже менее комфортно для покупателей, потому что, скорее всего, приведёт к росту цен и уменьшению возможности для конкуренции (например, по цене кефира). Но как вы наверняка замечали, многие магазины теперь округляют сумму в чеке в меньшую сторону — и продолжают использовать 10 и 50 копеек в стоимости товара.