Почему «В начале было Слово», Слово — с прописной буквы? Почему не «В начале был Бог»? Какой в «Слове» глубинный смысл?

Ответ Аси Сергуниной исчерпывающий и, насколько я могу судить, корректный, но запутанный. Попробую сказать то же самое, но яснее и короче. 

Во-первых: достаточно ясно, что Слово в этом тексте - это Иисус Христос. Чтобы убедиться в этом, достаточно припомнить продолжение текста: "и Слово стало человеком, ходило среди нас", и т. д. 

Во-вторых, что значит это слово - Слово. Была в поздней античности такая философская школа - неоплатоники. Она разработала сложную систему понятий, которая затем отчасти легла в основу христианского богословия. Так вот, Логос - это философский термин, используемый философами этой школы. В их интерпретации это одна из ступеней эманации - процесса, при котором из самой общей идеи путём её постепенного уточнения и дробления рождается всё многообразие мира. Самая общая идея - это Единое, чуть менее общая - это Логос, что может быть переведено и как "слово", и как "замысел", а дальше уже роды и виды и т. д. Коротко говоря, Иоанн воспользовался готовой философской концепцией, известной более-менее всем образованным людям его времени, чтобы коротко выразить сложную мысль, которая потом подробней была изложена в Символе веры: Христос - не только человек, но и Бог, точнее - ипостась Бога, которая имеет свойство быть причастной тварному миру и через которую, благодаря этому свойству, и происходит сотворение мира.